学校获批吉林省硕士学位授权单位立项建设高校，现有生物与医药、食品与营养、参茸文化传播等3个省级特色高水平学科，生物与医药、农业等2个校级重点特定建设学科，机械、中药学、工商管理等3个校级一般立项建设学科，翻译、土木水利、艺术等3个校级立项培育建设学科。先后与吉林农业大学、北华大学、吉林财经大学、长春大学签订联合培养协议，开展硕士研究生联合培养工作，现有博士研究生导师2名，硕士研究生导师44名，累计联合培养硕士研究生60余人。

先后出台了《长春科技学院学科带头人、学术方向带头人、学术骨干津贴管理办法（试行）》《长春科技学院联合培养硕士研究生管理办法（试行）》等管理办法。